特殊コンテナには以下の種類が含まれますが、これらに限定されません。
冷蔵コンテナ：一定の温度を必要とする冷凍または低温の商品を輸送するために設計されており、肉、果物、その他の商品の積載に適しています。冷蔵コンテナには断熱された壁、ドア、底部、上部があり、内部と外部の熱交換を防ぐことができます。内部機械冷蔵コンテナと外部機械冷蔵コンテナに分けられます。
ドレスハンガーコンテナ：衣服の輸送に特化しており、既製服を吊り下げて輸送しやすくするために、内部に横木とハンガーが付いています。
オープントップコンテナ：天蓋として硬い天板、キャンバス、プラスチックシート等がなく、コンテナの最大高さ制限を超える高さの貨物を積載するのに適しています。
フラットラックコンテナ: 上壁や側壁、端壁がなく、底板と四隅の柱のみのコンテナで、超高・超幅広の商品、家畜、外装梱包が不要な裸の商品の輸送に適しています。
タンクコンテナ：タンクとフレームで構成され、アルコール、ガソリン、化学薬品などの液体または気体の貨物の輸送に特化しています。
ハイキューブ: 標準コンテナよりも高さがあり、通常は軽量商品など、容量は大きいが重すぎない商品に使用されます。
フラット ラック: 固定された壁や上部がないため、大型機械や設備、建築資材など、特大または高さのある商品に適しています。
オープンサイド: 追加のサイドドアが付いているので、側面から商品を積み降ろしするのに便利で、通常は長い商品や側面からのアクセスが必要な商品に使用されます。
危険物コンテナ：国際的な危険物輸送規制に準拠した、危険物の輸送に特化したコンテナ。
ロールオン/ロールオフ: 車両の輸送に使用され、車両の出入りを容易にするために、テール部分が開いているか完全に開閉可能です。
